Cu toate că pe teritoriul judeţului Timiş se poate vorbi de o existenţă seculară a şcolilor precum şi a slujitorilor acestora, prima atestată documentar fiind şcoala de la Morisena (Cenadul de astăzi) care funcţiona încă din anul 1030, învatamântul teologic liceal îşi face prezenţa în această zonă a ţării doar după Revoluţia anticomunistă din decembrie 1989. Deja în primul an şcolar de după Revoluţia română, graţie istoricului Protocol încheiat la data de 05.06.1990 între Ministerul Cultelor şi Ministerul Învatamântului reprezentate pe atunci de miniştrii Nicolae Stoicescu şi respectiv Mihai Şora se înfiinţează primele „seminarii liceale”. Se vine astfel în întâmpinarea dorinţei tuturor cultelor recunoscute de a organiza învăţământ teologic liceal potrivit cu nevoile fiecaruia dintre acestea. Era acum de datoria fiecărui cult să-şi scrie planurile de învăţământ, să caute spaţii...

Cu toate că pe teritoriul judeţului Timiş se poate vorbi de o existenţă seculară a şcolilor precum şi a slujitorilor acestora, prima atestată documentar fiind şcoala de la Morisena (Cenadul de astăzi) care funcţiona încă din anul 1030, învatamântul teologic liceal îşi face prezenţa în această zonă a ţării doar după Revoluţia anticomunistă din decembrie 1989. Deja în primul an şcolar de după Revoluţia română, graţie istoricului Protocol încheiat la data de 05.06.1990 între Ministerul Cultelor şi Ministerul Învatamântului reprezentate pe atunci de miniştrii Nicolae Stoicescu şi respectiv Mihai Şora se înfiinţează primele „seminarii liceale”. Se vine astfel în întâmpinarea dorinţei tuturor cultelor recunoscute de a organiza învăţământ teologic liceal potrivit cu nevoile fiecaruia dintre acestea. Era acum de datoria fiecărui cult să-şi scrie planurile de învăţământ, să caute spaţii pentru desfăşurarea activităţilor de predare-învăţare şi de asemenea profesori, urmând să supună toate acestea aprobării Ministerului Învatamântului care urma să suporte integral cheltuielile ocazionate de desfăşurarea acestor activităţi de învăţământ. În aceste conditţii legislative favorabile se înfiintează şi Seminarul Liceal Baptist din Timişoara prin autorizatia nr. 3641/2.05.1991 emisă de către Secretariatul de Stat pentru Culte. Localul în care la 15 septembrie 1991 îşi dechide porţile această instituţie se afla în str. Aleea CFR nr. 15.

În anul şcolar 1991/1992 şcoala îşi începe activitatea cu doua clase (44 de elevi) de profil teologie-filologie şi 11 cadre didactice, dintre care 3 cu norma intreaga. Deja, în anul şcolar următor, registrul ofertei educative s-a diversificat prin promovarea a doua profile, unul de teologie-uman, iar al doilea de teologie-real, corespondentele, prin planurile de învăţământ propuse, profilelor de filologie, repectiv matematică-fizică de la liceele cu profil teoretic. În fiecare an şcolar s-au adăugat câte două clase. În vara anului 1995, în urma examenului de bacalaureat cei 39 de absolvenţi sunt declaraţi reuşiţi în proporţie de 100%. Cea mai mare parte dintre aceştia promovând în învăţământul superior, iar o altă parte integrându-se pe piaţa muncii.

Începând cu anul şcolar 1996/1997, în baza Ordinului ministrului nr. 4056/1996 Seminarul Teologic Liceal Baptist va funcţiona sub noua denumire de Liceul Teologic Baptist, denumire sub care funcţionează şi în prezent. Un alt eveniment remarcabil al scurtei, dar bogatei istorii a Liceului Teologic Baptist este legat de o nouă posibilitate de diversificare a ofertei educaţionale în anul şcolar 1999/2000, an în care una din clasele de început avea profilul teologie, iar cealaltă matematică-informatică, răspunzându-se astfel unei tot mai mari solicitări în acest sens din partea părinţilor interesaţi de această şcoală.

De asemenea, începând cu anul şcolar 2001/2002 şcoala se dezvoltă, oferind şcolarizare şi pentru clasele de gimnaziu.